रियल टाइम पीसीआर प्राइमर डिज़ाइन सिद्धांत

फॉरवर्ड प्राइमर और रिवर्स प्राइमर

रियल टाइम पीसीआर के लिए प्राइमर डिजाइन बहुत महत्वपूर्ण है।प्राइमर पीसीआर प्रवर्धन की विशिष्टता और दक्षता से संबंधित हैं, और इन्हें निम्नलिखित सिद्धांतों के संदर्भ में डिज़ाइन किया जा सकता है:

प्राइमर की लंबाई: 18-30bp.

जीसी सामग्री: 40-60%।

टीएम मान: प्राइमर डिज़ाइन सॉफ़्टवेयर, जैसे प्राइमर 5, प्राइमर का टीएम मान दे सकता है।अपस्ट्रीम और डाउनस्ट्रीम प्राइमरों का टीएम मान यथासंभव करीब होना चाहिए।टीएम गणना सूत्र का भी उपयोग किया जा सकता है: टीएम = 4 डिग्री सेल्सियस (जी + सी) + 2 डिग्री सेल्सियस (ए + टी)।पीसीआर निष्पादित करते समय, 5 डिग्री सेल्सियस के प्राइमर टीएम मान से नीचे का तापमान आम तौर पर एनीलिंग तापमान के रूप में चुना जाता है (एनीलिंग तापमान में इसी वृद्धि से पीसीआर प्रतिक्रिया की विशिष्टता बढ़ सकती है)।

प्राइमर और पीसीआर उत्पाद:

डिज़ाइन प्राइमर पीसीआर प्रवर्धन उत्पाद की लंबाई अधिमानतः 100-150bp है।

टेम्पलेट के द्वितीयक संरचनात्मक क्षेत्र में डिज़ाइन प्राइमरों से जितना संभव हो बचा जाना चाहिए।

अपस्ट्रीम और डाउनस्ट्रीम प्राइमरों के 3′ सिरों के बीच 2 या अधिक पूरक आधारों के निर्माण से बचें।

प्राइमर 3′ टर्मिनल बेस 3 अतिरिक्त लगातार जी या सी के साथ मौजूद नहीं हो सकता है।

प्राइमरों में स्वयं पूरक संरचनाएं नहीं हो सकतीं, अन्यथा एक हेयरपिन संरचना बन जाएगी, जो पीसीआर प्रवर्धन को प्रभावित करेगी।

एटीसीजी को प्राइमर अनुक्रम में यथासंभव समान रूप से वितरित किया जाना चाहिए, और 3' टर्मिनल बेस को टी के रूप में टाला जाना चाहिए।

परिशिष्ट 1：सेल डायरेक्ट आरटी-क्यूपीसीआर किट घटक पूरक पैक

1.कोशिका विश्लेषण समाधान